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1、活动性肝病：肝病活动时血清AFP可短期升高。定期多次随访测定AFP和ALT并进行分析。如：①ALT持续增高至正常的数倍，AFP和ALT动态曲线平行或同步增高则活动性肝病可能性大;②两者曲线分离，AFP升高而ALT正常或由高降低，则应多考虑原发性肝癌。
2、肝脓肿：一般有明显炎症的临床表现。邻近脓肿的胸膜壁多有水肿，右上腹肌紧张。白细胞计数可升高，超声检查可探及肝内也行暗区。必要时在超声引导下做诊断性穿刺，也可用抗感染药物进行试验性治疗。
3、继发性肝癌：与原发性肝癌相比，病情发展较为缓慢，症状较轻，AFP检测一般为阴性。确诊的关键在于病理检查和找到肝外原发癌的证据。
4、肝硬化：原发性肝癌多发生在肝硬化的基础上，所以两者的鉴别非常困难，是临床常遇到的问题，反复检测AFP或AFP异质体，密切随访，最终能作出正确诊断。
5、肝毗邻器官肿瘤：如右肾、结肠肝区、胃、胰腺等处的肿瘤，影像学检查有助于鉴别，AFP检测应为阴性，鉴别困难时，需剖腹探查。
6、肝非癌性占位性病变：肝血管瘤、多囊肝、包虫病等，借助影像学检查可帮助诊断，必要时剖腹探查。
